资源与环境系是在原土壤教研室和农业化学教研室基础上成立的。该系最早开办的专业为1960年开始招生的河南农学院土壤与农业化学专业，至今已有50多年的历史，先后为国家培养了一大批土壤肥料专门人才，为我国的土壤肥料工作和农业可持续发展作出了重要贡献。多年来，资源与环境系老一辈土壤肥料学家紧紧围绕河南省中低产田改良培肥与土壤质量提升、作物营养与科学施肥等方面做了大量卓有成效的研究和开发工作，为河南省农业发展和生态建设做出了突出贡献。在上世纪60年代曾经首创“引黄放淤改良风沙盐碱种植水稻技术”，使现在黄河中下游沿岸成为北方鱼米之乡，研究成果获河南省重大科技成果奖；率先研究出的“盐碱地农艺改良和躲盐植棉技术”，为盐碱地治理和农业应用找到了根本出路；作为组长单位，先后承担了全省第一、第二次土壤普查，为我省合理改良利用土壤、科学进行土地规划以及农业区划提供了第一手重要资料和依据。
根据国家和社会发展的需要，原土壤农化专业先后更名为“土壤与肥料专业”、“土壤与农业化学专业”；1993年，依托土壤学学科，创办了土地管理本科专业。1999年随着人们对环境问题的重视和国务院学位办对大学本科学科目录的调整，将原土壤与农化专业更名为农业资源与环境专业。
设置于资源与环境系的土壤学硕士点是河南农业大学最早获批的硕士学位授权点之一，并于1987年实现招生；2000年取得植物营养学硕士学位授权点，并于2002年开始招生；2004年自主设置了作物营养生理博士学位和硕士学位授权点，同年开始招生；2005年农业资源利用领域农业推广专业学位硕士点获批并开始招生。
资源与环境系现有教师24人，其中教授6人、副教授10人；双聘院士1人，兼职教授10人；具有博士以上学位的14人；博士研究生导师3人，硕士研究生导师17人。资源与环境系现建有农业资源利用省级一级重点学科和土壤学、植物营养学二级重点学科，拥有作物营养生理博士点，土壤学、植物营养学、作物营养生理和农业资源利用专业学位等4个硕士点，设有农业资源与环境和资源循环科学与工程2个本科专业，其中农业资源与环境专业为河南省特色专业。现在校本科生400多人，研究生60余人。
资源与环境系现建有农业部华北小麦-玉米轮作土壤与施肥科学观测实验站、河南省高校农业资源与环境工程技术研究中心、河南省高校重点开放实验室土肥资源高效利用实验室等省部级研究平台。并建有农业资源循环利用、农业环境修复工程技术、农田养分资源管理、粮食作物高产优质的营养调控、土壤化学与土壤培肥、新型肥料研制与开发等多个专业研究室和实验室。实验教学和科研用房1500平米，有气相色谱仪、等离子发射光谱仪、碳氮硫分析仪、微量热仪、比表面分析仪、原子吸收仪、流动注射分析仪、TOC自动测定仪、微波消解装置等一批高档实验仪器，超过5万元的仪器设备60多台件，共计500多万元。并建有12个校外实习基地。